東京召開首腦會議,地點是東京灣的新設(shè)施「Edge of Ocean」。這是一座,會議舉辦的5月1日當天,將動用2萬2千人警方人員的超巨大設(shè)施。然而不料某天,竟發(fā)生了突如其來的大規(guī)模爆炸事件!其中,出現(xiàn)了可以掌控全國公安警察的警察廳秘密組織——通稱「ZERO」組織的成員安室透的身影。為何不在會議當天,而選擇在會議之前引爆呢?以及安室背地里詭異的行為,讓柯南感到事情蹊蹺不已。這時,現(xiàn)場證物上留下的指紋,竟然與過去所屬警視廳的毛利小五郎的指紋相吻合!其中到底有什么陰謀?圍繞逮捕小五郎,柯南和安室展開了交戰(zhàn)。安室透這個謎一般的存在,究竟是敵是友?「極秘任務(wù)」的倒計時,此時已經(jīng)無聲無息地開始了——