福娃之一的貝貝在夢(mèng)中遇到激戰(zhàn)的“和平女神雅典娜”與“戰(zhàn)神阿瑞斯”。戰(zhàn)敗的雅典娜身受重傷,她告訴貝貝:在時(shí)空隧道中的1896年,有一個(gè)隱藏了巨大能量的木盒,只有得到里面的能量,才能恢復(fù)自己的盾牌和生命,打敗邪惡的阿瑞斯。醒來之后,在顧拜旦來信的提示下,貝貝立下誓言:要穿越時(shí)空,回到1896年,幫助女神取得木盒。依照雅典娜的指示:貝貝下海尋找能夠穿越時(shí)空的東方時(shí)空老人“必喜”。但卻在深海峽谷中,遇到了貪吃成性的小妖怪——皮休。他是龍之九子,必喜的弟弟。多年前因?yàn)橄氤蕴柖羧氪蠛?,目前正為自己“永遠(yuǎn)饑餓”的胃病而苦惱,一聽說隱藏巨大能量的木盒,也十分積極地加入了貝貝的旅行。在皮休的帶領(lǐng)下,貝貝找到了必喜。必喜載著二人進(jìn)入了“時(shí)空隧道”,卻在通過了二十一世紀(jì)大門之后不久,中了阿瑞斯手下普嚕嚕的埋伏,必喜雙眼失明,被迫停止旅行。必喜要孩子們進(jìn)入最近的時(shí)空——1984年,尋找一滴人類最激動(dòng)最幸福時(shí)刻流下的眼淚來擦亮眼睛,才能繼續(xù)旅行,返回1896年。皮休和貝貝分別在1984年找到了中國(guó)射擊運(yùn)動(dòng)員許海峰和海地馬拉松運(yùn)動(dòng)員拉莫特,幾經(jīng)周折,貝貝從拉莫特身上取到了眼淚。兩人返回時(shí)空隧道時(shí),卻遇到與必喜大戰(zhàn)的阿瑞斯,混亂中,必喜的龍之如意被奪走,身體變得虛弱,并縮小。貝貝用眼淚替必喜恢復(fù)了視力,但只有找回如意才能穿越下一道世紀(jì)大門,進(jìn)入1896年。因此必喜帶著兩個(gè)孩子開始尋找如意。他們?cè)诓煌膴W運(yùn)年代都發(fā)現(xiàn)了如意的存在,但收集到的卻是一個(gè)一個(gè)小如意珠。原來如意被阿瑞斯分散,放置在運(yùn)動(dòng)員身上復(fù)制能量為自己所用。在皮休和貝貝的努力下,如意珠被一個(gè)一個(gè)收集起來,最后還剩兩個(gè)就可以組合成龍之如意了。這時(shí),阿瑞斯卻制造了一起陷阱,將三人帶去他的黑暗王國(guó)——骷髏島。在福娃兄弟姐妹的幫助下,貝貝在千鈞一發(fā)的時(shí)刻醒來,救出皮休,逃離了骷髏島。兩人又在其他福娃幫助下進(jìn)入1988年,找到最后兩個(gè)如意珠,并借機(jī)發(fā)現(xiàn)了骷髏島的秘密——只有奧運(yùn)圣火才能突破通往骷髏島的大門。可黑暗小妖將通往奧運(yùn)節(jié)點(diǎn)的道路嚴(yán)密封鎖起來,不讓他們?nèi)〉檬セ稹Fば莼貞浧鹱约涸跂|京奧運(yùn)會(huì)上結(jié)識(shí)過的一個(gè)人說過,他要偷圣火回家鄉(xiāng)給父老鄉(xiāng)親看。于是他帶著貝貝去到了那個(gè)人的家鄉(xiāng):鹿兒島,并在那里拿到了燃燒了20幾年的圣火。兩人利用圣火突破進(jìn)骷髏島,救出了必喜,并拿回了所有的如意珠。如意珠合并,形成如意,必喜也全然恢復(fù)了。他們興高采烈地去到19世紀(jì)大門前,卻發(fā)現(xiàn)即便有如意,大門也打不開——原來阿瑞斯眼見必喜逃脫,如意也被拿回,便強(qiáng)行封鎖了世紀(jì)大門,并根據(jù)皮休多嘴透露出的信息在1896年的希臘雅典尋找木盒。在必喜的好朋友火兒姑娘的提醒下,他們才得知,打開大門的唯一方式是收集人類記憶信息。只要找到足夠的寬厚、正義、謙讓、才能、誠(chéng)信(對(duì)應(yīng)仁、義、禮、智、信)五種信息,便可以解除封印,打開世紀(jì)大門。于是三人再度進(jìn)入時(shí)空中的奧運(yùn)會(huì)進(jìn)行尋找。在1924年巴黎奧運(yùn)會(huì)上取得了哈洛德的“禮之信息”。在1932年洛杉磯奧運(yùn)會(huì)上取得了劉長(zhǎng)春的“義之信息”。在1936年柏林奧運(yùn)會(huì)上取得了歐文斯的“仁之信息”、盧茲.朗的“義之信息”,還有擊劍選手海琳娜的“信之信息”。在1948年倫敦奧運(yùn)會(huì)上取得了芬尼的“智之信息”。在2004年雅典奧運(yùn)會(huì)上取到了來自孟關(guān)良、楊文軍及瓦爾德內(nèi)爾的信息。其間,阿瑞斯眼見事態(tài)一步步走向失敗,情急之下,只好去求助居住在死亡之海的蛇發(fā)女美杜莎,請(qǐng)她拿出“黑暗號(hào)角”,讓自己擁有召喚暗黑怪獸軍團(tuán)的力量。因此,當(dāng)三人拿著足夠的記憶信息前去打開世紀(jì)大門時(shí),遭到了暗黑怪獸軍團(tuán)的襲擊,雙方糾纏打斗著進(jìn)入了1896年,最后貝貝用智慧擊退了怪獸,并利用雅典娜給的橄欖葉找到了埋藏木盒的位置。不料剛挖出木盒,阿瑞斯又將木盒搶去。貝貝、皮休、必喜奮力追入骷髏島,必喜在骷髏島大門處,用自己的身體托起大門,化為了一座石雕。最后大戰(zhàn)在骷髏島展開,顧拜旦送來的其他四個(gè)福娃也加入了戰(zhàn)斗,骷髏島一片天昏地暗。阿瑞斯為了打敗福娃,打開了木盒,不料木盒中空空如也,根本沒有他所想象的“巨大能量”,唯一飄落出來的只有一句話——“號(hào)召全世界的年輕人到賽場(chǎng)上去拼斗,而不是去戰(zhàn)場(chǎng)上廝殺?!边@時(shí),雅典娜復(fù)活,盾牌上的裂紋一一復(fù)原,她將阿瑞斯變成一團(tuán)泥土,融化在了骷髏島的大地上。原本陰森恐怖的骷髏島頓時(shí)生長(zhǎng)出繁茂的鮮花與植物,必喜石雕安詳?shù)匾倭⒃诖?。雅典娜要他們警惕阿瑞斯?fù)活,并告訴他們,必喜并沒有死,只要讓奧運(yùn)會(huì)一直延續(xù)下去,他就有復(fù)活的一天。傷心的皮休決定留下來陪伴六哥,直到他醒來。而福娃們則返回2008年,為了守護(hù)奧運(yùn)會(huì)而努力去了。