故事發(fā)生在遙遠(yuǎn)的未來,肆虐的異生獸給人類的安全帶來了巨大的困擾,為了抵擋異獸的進(jìn)攻,日本政府成立了防衛(wèi)組織TLT,其中,夜襲隊擁有著最強(qiáng)大的實(shí)力和最強(qiáng)勁的武器,是整個組織內(nèi)部的中堅力量。然而,面對經(jīng)過了進(jìn)化的新型異生獸,夜襲隊亦束手無策,在這個節(jié)骨眼上,光之巨人奈克瑟斯奧特曼和它的適能者姫矢準(zhǔn)(桐島優(yōu)介飾)出現(xiàn)了。在奈克瑟斯奧特曼創(chuàng)造出的美塔領(lǐng)域中,奧特曼和異獸之間展開了激烈的斗爭。孤門一輝(川久保拓司飾)是TLT里的新進(jìn)成員,當(dāng)他目睹了奈克瑟斯奧特曼強(qiáng)大的力量后,開始對奧特曼的起源和姬矢準(zhǔn)的神秘過往產(chǎn)生了興趣。